擁有世界級推理小說家父親的高中生偵探——工藤新一。解決了許多疑難案件的他，某一天在和青梅竹馬毛利蘭約會的途中，目擊了神秘黑衣男子的交易。男子為了將證人滅口，給新一灌下了毒藥，雖然勉強保住了性命，卻變成了小孩子的樣子……若是讓組織知道工藤新一還活著，連周圍的人都會陷入危險。

他化名“江戶川柯南”，繼續解決疑難案件。這全部都是為了查明神秘組織的真面目，恢複作為工藤新一的自己……這個世界上不會有解不開的謎。無所不知的名偵探，真相永遠只有一個。